肿瘤发生发展、缺氧适应、癌基因激活、增强子重编程、药物耐药，以及RNA Pol II暂停/释放等，本质上都涉及“转录过程本身”的动态变化。传统RNA-seq主要反映稳定RNA的最终积累，而PRO-seq/GRO-seq/TT-seq等新生RNA技术可以直接观察正在发生的转录，从而回答“哪些基因正在被启动、哪些基因正在快速关闭、RNA Pol II是否发生暂停/释放、哪些增强子正在被转录，以及药物处理后最早发生的转录响应是什么”等问题。已有肿瘤研究已经将这一技术应用于肿瘤缺氧适应、癌基因MYC/AR转录重编程、增强子活化及药物响应等场景。例如，急性缺氧研究利用PRO-seq解析HIF1A介导的早期转录响应，发现缺氧可促进暂停状态的RNA Pol II释放；前列腺癌研究则发现MYC过表达可增加AR靶基因的启动子近端暂停，从而重塑AR转录程序；药物刺激研究利用时间序列PRO-seq在分钟尺度捕获肿瘤细胞的早期转录响应，并观察到基因及增强子转录的动态变化。