产品简介
GRO-seq（Global Run-On sequencing）核心是通过体外转录延伸标记，富集新生 RNA 并测序，直接捕获 RNA 聚合酶 II转录活性，精准绘制全基因组转录动态图谱，可区分稳态 RNA 无法反映的转录起始、暂停、延伸与终止等核心调控事件。
实验流程
分析内容
深碳优势
a. 实验流程自主研发，特殊提核方式有效捕获新生RNA。
b. 不限物种及组织类型，非模式物种执行经验丰富。
c. 分析体系完善，提供全面的分析内容与多组学联合应用，一站式服务辅助文章产出。
送样建议
a. 组织或细胞液氮速冻后干冰寄送。
b. 不同类型样本推荐送样量如下：
已发表文献
1.Zhu J, Liu M, Liu X, et al. RNA polymerase II activity revealed by GRO-seq and pNET-seq in Arabidopsis[J]. Nature Plants, 2018, 4(12): 1112-1123.
2.Xie Y, Chen Y, Li Z, et al. Enhancer transcription detected in the nascent transcriptomic landscape of bread wheat[J]. Genome Biology, 2022, 23(1): 109.
3.Liu M, Zhu J, Huang H, et al. Comparative analysis of nascent RNA sequencing methods and their applications in studies of cotranscriptional splicing dynamics[J]. The Plant Cell, 2023, 35(12): 4304-4324.
4.Flynn N. Narrowing numerous nascent RNA-sequencing strategies[J]. The Plant Cell, 2023, 35(12): 4197-4198.
5.Zhu M, Liu M, Dong Z. Monitoring transcription by nascent RNA sequencing in crop plants[J]. New Crops, 2025, 2: 100031.
转录图谱分析
通过在基因组范围内绘制转录起始位点（TSS）和转录终止位点（TES）附近的信号强度分布图，评估基因在不同处理组中的转录动态变化情况。反映了基因转录RNA的状态，包括起始、暂停、延伸、终止等过程。
转录状态分析
依据转录活性和暂停指数（PI）对基因的转录状态进行分类及功能富集分析。
增强子鉴定及差异分析
对增强子进行鉴定，确定其在不同样本中的表达活性，并通过图表展现。
差异基因启动子区域-差异增强子区域的联合Motif分析
根据差异基因启动子区域和差异增强子区域的Motif分析结果，筛选显著富集的转录因子并集，并使用热图进行富集程度的可视化。
GRO-seq研究拟南芥叶对热休克的即时转录反应
期刊：J Integr Plant Biol
研究目的：研究植物形成热应激记忆早期发生的全基因组转录变化。
实验设计：对两周龄的拟南芥叶片培养一周，在采样前置于45℃环境热休克处理5min；或者在培养时每天在光暗变化结束前的1.5h置于37℃适应性培养，采样前再进行热休克处理。最后将样本用GRO-seq和RNA-seq分别进行检测，比较。
主要结果：
1.转录起始的变化：拟南芥叶热休克后通过GRO-seq检测新生RNA发现整体RNA转录水平显著下降，而RNA-seq检测显示无此明显变化；在上下调的基因当中上调集中于热、蛋白折叠、转录因子等通路，下调集中于昼夜节律、细胞分裂等非应对紧急状态的通路；通过GRO-seq检测新生RNA的密度峰，发现在近端启动子区域有38.4%的活性基因的Pol Ⅱ酶密度增加，表示转录起始位点TSS下游的转录暂停是应激状态下调控转录的主要手段。
2.转录终止的变化：通过GRO-seq检测，发现相较于对照组，在热休克的细胞中多聚腺苷酸化位点PAS下游500 bp左右出现较高信号，表明短时间的热休克显著降低聚腺苷酸化和终止效率，然而RNA-seq检测未能发现这种变化。
GRO-seq通过检测eRNA确定与哮喘相关的非编码区功能性遗传变异
期刊：Nature Communications
研究目的：根据eRNA转录特征筛选哮喘非编码区SNP，鉴定与哮喘相关的功能性遗传变异，并研究其分子机制。
实验设计：构建哮喘细胞模型（对照组veh、地塞米松处理组dex、TNF炎症处理组TNF、共同处理组TNF+dex），使用GRO-seq分析差异eRNA；联合GERA队列GWAS数据鉴定μ-SNP（增强子区域SNP），并通过荧光素酶报告系统、基因编辑、染色质构象分析进行验证。
主要结果：
1.μ-SNP筛选：GRO-seq鉴定出1714个差异表达eRNA，与GERA队列联合分析筛选出22个高置信μ-SNP。
2.荧光素酶报告系统验证：78%（7/9）高置信μ-SNP区域表现出显著活性动态变化（图A），说明高置信μ-SNP区域可能具有生物学调节功能。
3.关键μ-SNP验证：在22个高置信μ-SNP中筛选出2个进行验证；rs149411423 变异破坏调节 GCNT1 表达的功能性糖皮质激素反应元件，降低dex诱导的GCNT1表达（图B）；rs258760变异破坏调节 NR3C1 表达的反应元件，影响空气污染物（如木烟颗粒TCDD）诱导的NR3C1表达（图C）。
参考文献：
1.Liu M, Zhu J F, Dong Z C. Immediate transcriptional responses of Arabidopsis leaves to heat shock[J]. Journal of Integrative Plant Biology,2020,62(00):1-20.
2.Sasse S K,Dahlin A,Sanford L,et al. Enhancer RNA transcription pinpoints functional genetic variants linked to asthma[J]. Nature Communications,2025,16:2750.
